实验室构建棉花基因组变异综合数据库

作者：棉花生物学国家重点实验室 日期：2022-04-07 访问量：

实验室杜雄明研究员团队通过整合陆地棉（ G. hirsutum ）和亚洲棉（ G. arboreum ）的基因组、重测序基因型数据和表型数据，构建了界面友好、交互性强的棉花基因组变异数据库（Cotton Genomic Variation Database，CottonGVD）。相关研究以“CottonGVD: A Comprehensive Genomic Variation Database for Cultivated Cottons”为题发表在生物学2区Top期刊《Frontiers in Plant Science》（IF=5.75）上。

陆地棉和亚洲棉是棉属两大重要栽培种，近年来，通过深度“解码”棉属主要栽培种的群体基因组变异，结合表型数据，利用全基因组关联分析（Genome-wide Association Study，GWAS）定位到一大批与棉花重要性状密切关联的遗传位点。目前，虽然有大量棉花全基因组关联分析结果发表，但缺乏一款综合的可视化工具来对其进行全面展示，阻碍了其他研究者对重要性状候选基因的发掘工作。通过对基因组变异数据、表型数据和全基因组关联分析结果进行整合、存储和展示，将有效地提高这类数据利用效率，进而促进棉花重要性状的遗传改良。

棉花基因组变异数据库整合了杜雄明团队近年来发表的栽培棉群体基因组变异信息和全基因组关联分析结果。利用该数据库，棉花科研工作者可以高效地对感兴趣性状的关联候选区间进行可视化分析，进而快速确定候选基因并开展进一步的功能验证工作。此外，数据库还提供了一系列功能强大的各类检索、浏览和辅助分析工具。棉花基因组变异数据库将持续进行数据和功能更新，便于为广大棉花科研工作者提供更好的服务，有效地衔接种质资源鉴定与功能基因发掘，以及分子标记辅助育种工作。

中棉所高层次人才彭振博士和助理研究员李洪戈为该论文共同第一作者，杜雄明和何守朴研究员为共同通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金（31122062），农业部棉花种质资源精准鉴定工程（19211122）和国家重点研发计划（2016YFD0100203和2016YFD0100306）的资助。

棉花基因组变异数据库网址：http://db.cngb.org/cottonGVD

原文链接：https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2021.803736/full

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